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詳細情報 |
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| 標準的: | はい | 猫。いいえ。: | K001S-A、K001S-B |
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| 指定: | K001S-A/24 rxns;K001S-B/96 rxns;サンプル袋6 rxns | 出現: | の損傷無し完全 |
| 図書館のタイプ: | DNA | プラットホームの配列: | Illumina |
| ロゴの印刷: | ロゴの印刷を使って | 輸送のパッケージ: | パッキング |
| 生産能力: | 1日あたりの1000のキット | 貯蔵条件: | 12か月の妥当性の期間の-20°C。 |
| ハイライト: | GDSBioの使い捨て可能なウイルスの見本抽出管,クラスIの使い捨て可能なウイルスの見本抽出管,100%のナイロン ウイルスの見本抽出管 |
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製品の説明
速いDNAの図書館の準備のキットV2
[製品名]
速いDNAの図書館の準備のキットV2
[猫。いいえ/Spec.]
K001S-A/24 rxns;K001S-B/96 rxns;サンプル袋6 rxns
[製品の説明]
プラットホームを配列するIlluminaの高効率を目指してこのキットは1つの管の便利で、普遍的なDNAの図書館の構造機構を提供する。それは図書館の構造の時を非常に短くし、退屈なステップによって引き起こされる間違いを減らす1つのステップに端の修理およびテーリングを、結合する。分解されたdouble-stranded DNAの端の準備、アダプターのligation、拡大および浄化は2時間以内程で行うことができる。完全な図書館の定量化はdsDNAの蛍光染料方法（例えば、熱のQubitの屈曲の螢光光度計）または絶対定量化PCRによって適切な集中への図書館を薄くした後行うことができる。
[サンプル タイプ]
| 適用 | サンプル タイプ | 推薦された量 |
| 全ゲノムの配列 | 良質の複雑なゲノム | 50ng-1μg |
| 全exomeのターゲット捕獲の配列 | 良質の複雑なゲノム | 10ng-1μg |
| 全ゲノムのターゲット捕獲の配列 | FFPE DNA | ≥50ng |
| 全ゲノムのターゲット捕獲の配列 | cfDNA/ctDNA | ≥100pg |
| 全ゲノムの配列 | 微生物ゲノム | 1ng-1μg |
| 全ゲノムの配列（PCRなしの） | 良質DNA |
≥50ng （サイズ選択無し） ≥200ng （サイズ選択） |
| 破片seq | 破片DNA | ≥100pg |
| 目標とされた配列 | Amplicon | ≥100pg |
[貯蔵条件及び保存性]
すべての試薬は-20°C.のLigationの緩衝で水晶が使用の前の室温に低温、それで沈殿することができるがバランスをとられるべきであるようにである正常貯えられるべきである。プロダクトは12か月間有効である。
[部品]
| 部品 | 24のrxns | 96のrxns |
| 終わり修理及びテーリングの酵素の組合せ | 120 μl | 2×240 μl |
| 終わり修理及びテーリングの緩衝 | 240 μl | 2×480 μl |
| 速いDNAのリガーゼ | 120 μl | 2×240 μl |
| 速いLigationの緩衝 | 600 μl | 4×600 μl |
| 2×ハイファイ図書館PCRのマスターの組合せ | 600 μl | 4×600 μl |
| プライマーMix* | 120 μl | 480 μl |
*複数のサンプルがあれば、#K002および#K003アダプターのプライマー組合せは推薦される。このキットは索引を一組のプライマーに与える。
注:推薦された選択のビード:#NC1011 GDSPure DNAの選択MagbeadsまたはAMPure XPのビード。
[ノート]
1. 私達は置かれる2つのタイプの普遍的なアダプターのプライマーを（別に購入されるGDSのアダプター、#K002および#K003）提供する、顧客はまた他の製造業者から選ぶか、またはプラットホームを配列するIlluminaのための彼らの自身のアダプターを総合できる。たくさんのアダプターはアダプターの二量体の形成をもたらし、不十分なアダプターは低い図書館の出力をもたらす。従って、適切なアダプターの集中は図書館の集中そして質を定める。DNAの入力の異なった量のための推薦されたアダプターの集中は次のテーブルで示されている:
表1のアダプターの推薦された使用集中
| DNAは入った | 推薦されたConc。アダプターのため | アダプター:挿入物のモルRatio* | GDSのアダプターの希薄の程度 |
| 1μg | 10μM | 10:1 | 希薄無し |
| 500ng | 10μM | 20:1 | 希薄無し |
| 250ng | 10μM | 40:1 | 希薄無し |
| 100ng | 7.5μM | 100:1 | 3:4 |
| 50ng | 5μM | 200:1 | 1:2 |
| 25ng | 2.5μM | 200:1 | 1:4 |
| 1ng | 1μM | 200:1 | 1:10 |
*アダプター:挿入物のモル比は他の源からの次の方式を示すことによって大体計算することができる入れられたDNAモル数へのアダプター モル数の比率を示す、:
入れられてDNA数（pmol） ≈Input DNA固まり（[NGの）/0.66×Input DNA平均長さ（bp）]
非常にアダプターの*Theの質そして集中低い入力図書館のための図書館の出力に、特に影響を与えるため。良質の源からのアダプターはligationの前の0.1×TEと適切な集中に選ばれ、薄くなるべきである。即時の使用のために、各サンプル付加が固定5 μlであることを確認し、サンプル付加の間違いを避け、そして繰り返されたfreeze-thaw避けることを試みなさい。
2. 2×ハイファイ図書館PCRのマスターの組合せで使用される酵素は5"が- 3"ポリメラーゼおよび3" - 5" exonucleaseの活動あるが、でしたり5つに- 3" exonucleaseの活動欠けているB家族のDNAポリメラーゼ。それにハイ ファイおよび同質性、および強い支持できる統合の能力がある。拡大周期の数の厳密な制御は図書館の出力のために特に重要である。次のテーブルはDNAの入力の異なった量に相当して拡大周期の推薦された数を示したものだ:
異なったサンプル入力に相当する拡大周期の表2の推薦された数
| 入れられたDNA | 拡大周期の推薦された数 | |
| 100ng図書館 | 1μg図書館 | |
| 1μg | 0 | 2-5 |
| 500ng | 0 | 2-5 |
| 250ng | 1-3 | 5-7 |
| 100ng | 2-4 | 6-8 |
| 50ng | 4-6 | 8-10 |
| 25ng | 5-7 | 9-12 |
| 10ng | 7-9 | 11-13 |
| 5ng | 9-11 | 13-14 |
| 2.5ng | 10-12 | 14-16 |
| 1ng | 11-13 | 15-17 |
注:1。上のテーブルは試験結果を示したものだ150bpを参照だけのためである標準的なDNA使用する。
2. 不完全なコネクターが使用されれば完全な図書館を得るために、周期（1-3）の最小数は増幅されるべきである。
3. 入力DNAの質が粗末であるか、またはサイズ選択が図書館の構造の間に遂行されれば、拡大周期の数は適切に高められるべきである。
[標準的な図書館の構造プロセス]
終わり修理
注:このステップ、か緩衝が終わり修理緩衝に相容れない前に分解されたDNAが45 μlを超過すれば、磁気ビードの浄化は最初に行われるべきである。
1. 200のμl PCRの管の次の反作用を準備しなさい:
| 試薬 | 容積 |
| 分解されたDNA | 変数 |
| 終わり修理及びテーリングの酵素の組合せ | 5 μl |
| 終わり修理及びテーリングの緩衝 | 10 μl |
| ddH2 O | 65 μlに |
2. よく混合し、簡潔に遠心分離機にかけ、管の底にすべての液体を集める穏やかの渦および簡潔に回転。
3. 熱cyclerで次の反作用を行いなさい:
| 温度 | 時間 |
| 20°C | 15min |
| 65°C | 15min |
| 4°C | ∞ |
アダプターのLigation
1. 端の準備の後でligationの反作用とできるだけ早く進みなさい。
2. 表1.に従ってアダプターを薄くしなさい。
3. 次の反作用システムを準備しなさい:
| 試薬 | 容積 |
| 終わり修理およびテーリング プロダクト | 65 μl |
| 速いLigationの緩衝 | 25 μl |
| 速いDNAのリガーゼ | 5 μl |
| アダプターX | 5 μl |
| 合計 | 100 μl |
4. よく混合し、簡潔に遠心分離機にかけ、管の底にすべての液体を集める穏やかの渦および簡潔に回転。
5. 熱cyclerで次の反作用を行いなさい:
| 温度 | 時間 |
| 20°C | 15min |
| 4°C | ∞ |
PCRの一掃/サイズ選択（特定の磁気ビードの容積は実際のサンプルの大きさに従って調節されるべきである）のための推薦された解決
1. 適切な遠心分離機管に100つのμlのligationプロダクトを準備しなさい。
2. サンプルに再停止されたDNAの選択の磁気ビードの100 μlを加えなさい。10回（または30 sの渦）のためのピペットが付いている穏やかに打撃。室温で5分のためのサンプルを孵化させなさい。
3. 上澄みからビードを分けるために適切な磁気棚に管を置きなさい。解決が明確である時、ピペットによって注意深く上澄みを放棄するため取除き、（ビードを放棄してはいけない）。
4. 管に80%の新たに準備されたエタノールの200 μlを間、磁気棚で加える。30 sのための室温で、それから注意深く上澄みを放棄するために取除き、孵化させれば（ビードを妨げてはいけない）。
5. 合計2洗浄のためのステップ4を一度繰り返しなさい。
注:第2ワシントン州の後ですべての目に見える液体を取除くことを忘れないでいなさい。
6. 空気は管が開いたふたが付いている磁気棚にある間、磁気ビードの表面に明らかな光沢がないまでビードを乾燥する。
注:not overdryビードを、これDNAのより低い回復で起因するかもしれないしなさい。ビードが割れ始めるとき余りに乾燥している。
7. 磁気棚から管を取除きなさい。管に22のμlの溶出の緩衝（10mM Tris HCl、pH8.0-8.5）を加えなさい。少なくとも10回の上下にピペットで移すことによってよく混合すれば30のための渦のミキサーでs.は室温で3-5分の間孵化する。
8. 磁気棚に管を置きなさい。5分後（または解決が明確である時）、新しい管への移動20のμlの上澄み。選択は完了し、指定DNAはそれに続く実験に使用するか、または-20°Cで長い間貯えることができる。
図書館の拡大
1. 200のμl PCRの管の次の反作用を準備しなさい:
| 試薬 | 容積 |
| 一掃またはサイズ選択の後のLigationプロダクト | 20 μl |
| 2×ハイファイ図書館PCRのマスターの組合せ | 25 μl |
| プライマー組合せ | 5 μl |
| 合計 | 50 μl |
2. よく混合し、簡潔に遠心分離機にかけ、管の底にすべての液体を集める穏やかの渦および簡潔に回転。
3. 熱cyclerで次の反作用を行いなさい:
| 温度 | 時間 | 周期数 |
| 95°C | 3min | 1 |
| 98°C | 20sec |
表2に従う周期の選り抜き適切な数 |
| 60°C | 15sec | |
| 72°C | 30sec | |
| 72°C | 5min | 1 |
| 4°C | ∞ | - |
PCRの一掃/サイズ選択（特定の磁気ビードの容積は実際のサンプルの大きさに従って調節されるべきである）のための推薦された解決
1. 適切な遠心分離機管に50のμlのligationプロダクトを準備しなさい。
2. サンプルに再停止されたDNAの選択の磁気ビードの45 μlを加えなさい。10回（または30 sの渦）のためのピペットが付いている穏やかに打撃。室温で5分のためのサンプルを孵化させなさい。
3. 上澄みからビードを分けるために適切な磁気棚に管を置きなさい。解決が明確である時、ピペットによって注意深く上澄みを放棄するため取除き、（ビードを放棄してはいけない）。
4. 管に80%の新たに準備されたエタノールの200 μlを間、磁気棚で加える。30 sのための室温で、それから注意深く上澄みを放棄するために取除き、孵化させれば（ビードを妨げてはいけない）。
5. 合計2洗浄のためのステップ4を一度繰り返しなさい。
注:第2ワシントン州の後ですべての目に見える液体を取除くことを忘れないでいなさい。
6. 空気は管が開いたふたが付いている磁気棚にある間、磁気ビードの表面に明らかな光沢がないまでビードを乾燥する。
注:not overdryビードを、これDNAのより低い回復で起因するかもしれないしなさい。ビードが割れ始めるとき余りに乾燥している。
7. 磁気棚から管を取除きなさい。管に22のμlの溶出の緩衝（10mM Tris HCl、pH8.0-8.5）を加えなさい。少なくとも10回の上下にピペットで移すことによってよく混合すれば30のための渦のミキサーでs.は室温で3-5分の間孵化する。
8. 磁気棚に管を置きなさい。5分後（または解決が明確である時）、新しい管への移動20のμlの上澄み。選択は完了し、指定DNAは1-2週間2-8°Cで貯えられるか、または-20°Cで長い間貯えることができる。
[付録]両面の選択のための推薦された機構
二重円形の選択が要求されれば、私達は期待された図書館のサイズに従って適切な磁気ビードの容積を選ぶために次の機構を提供する。サイズ選択は終わり修理の前にまたは拡大の後で行うことができる。2つ以上二重円形の選択は図書館の収穫を非常に減らす。
100 μlに次テーブルの図書館の容積を満たしなさい。期待された図書館のサイズに従って2つの円形の磁気ビードの容積を選びなさい。そして次の指示に従って選択操作を遂行しなさい。
二重円形の選択のための磁気ビードの表3の推薦された量
| 期待された図書館のサイズ | 150bp | 200bp | 250bp | 300bp | 400bp | 500bp | 600bp | 700bp | |
| ビード（μl）の容積 | 円形1 | 100 | 90 | 80 | 70 | 60 | 55 | 50 | 45 |
| 円形2 | 30 | 20 | 20 | 20 | 20 | 15 | 15 | 15 | |
1. 100 μlに図書館の容積を200μl PCRの管のそして分類される表3に従ってA. Addとしてある特定の容積の磁気ビードを満たしなさい（30 s.のためのピペットが付いている管のA. Gentlyのの打撃への円形1）は室温で5分のためのサンプルを孵化させる。
2. 上澄みからビードを分けるために適切な磁気棚に管Aを置きなさい。解決が明確なとき、注意深く上澄みを新しい管に取除き、B. Discardのビードとして分類しなさい。
3. 表3に従ってある特定の容積の磁気ビードを加えなさい（30 s.のためのピペットが付いている管のB. Gentlyのの打撃への円形2）は室温で5分のためのサンプルを孵化させる。磁気棚に管Bを置きなさい。解決が明確である時、注意深く上澄みを放棄するため取除き。
4. 管Bに80%の新たに準備されたエタノールの200 μlを間、磁気棚で加える。30 sのための室温で、それから注意深く上澄みを放棄するために取除き、孵化させれば（ビードを妨げてはいけない）。
5. 合計2洗浄のためのステップ6を一度繰り返しなさい。
注:第2ワシントン州の後ですべての目に見える液体を取除くことを忘れないでいなさい。
6. 空気は管Bが開いたふたが付いている磁気棚にある間、磁気ビードの表面に明らかな光沢がないまでビードを乾燥する。
注:not overdryビードを、これDNAのより低い回復で起因するかもしれないしなさい。ビードが割れ始めるとき余りに乾燥している。
7. 磁気棚から管Bを取除きなさい。管に22のμlの溶出の緩衝を加えなさい。少なくとも10回の上下にピペットで移すことによってよく混合すれば30のための渦のミキサーでs.は室温で3-5分の間孵化する。
注:目標とされた捕獲が行われなかったら、溶出のための溶出の緩衝（10mM Tris HCl、pH 8.0-8.5）を加えなさい。さもなければ、殺菌したultrapure水は溶出に使用するべきである。
- 磁気棚の場所の管B。新しい管への移動20のμlの上澄み。
研究の使用だけのため
